COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.781821
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.820955 2.752288
2020-09-21 17:00:00 3.384052 3.384052 2.727092
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.723813
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.708117
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.501041 2.692799
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.684632

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 1.992322
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 2.053101
2020-09-21 17:00:00 2.953240 2.150538 2.087668
2020-09-20 17:00:00 NaN 0.000000 2.177631
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.175301
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.256304
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.255793

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 2.998236 0.881834 0.719758
2020-09-22 17:00:00 2.426343 0.866551 0.731791
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.194175 0.691470
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 0.688580
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 0.691079
2020-09-18 17:00:00 0.000000 0.000000 0.694046
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.704192

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 1.192043
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.158501
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.727052 1.137435
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.124462
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.114743
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 1.101290
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 1.069183

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 3.614537
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.079961 3.584891
2020-09-21 17:00:00 4.636520 4.636520 3.450823
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.393654
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 3.292956
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 3.172418
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 3.097758

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 1.887850 2.362021 2.705466
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.886546 2.752259
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.850473 2.764925
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.795010
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.808227
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.836318
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.826647

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 3.580402 3.580402 2.988528
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 2.953228
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 2.882392
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 2.931170
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 2.980955
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 2.996222
2020-09-17 17:00:00 4.659763 2.477811 3.061311

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.298443
2020-09-22 17:00:00 3.299598 2.675724 2.260116
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.247992
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.208408
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.167902
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 2.109589
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 2.069484

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 5.572755 5.572755 5.917298
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 5.823865
2020-09-21 17:00:00 9.275362 9.275362 5.684864
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.593759
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.616996
2020-09-18 17:00:00 8.263598 4.288703 5.564154
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.632884

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.865410
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.826977
2020-09-21 17:00:00 1.344287 2.823002 1.839594
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.886521
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 1.926270
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 1.955442
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 1.983277

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 3.344333
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.623907 3.292526
2020-09-21 17:00:00 4.047619 2.280349 3.212363
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.262264
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.277268
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.358700
2020-09-17 17:00:00 3.767821 3.767821 3.443902

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 0.584795 1.073345 1.048457
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.018619
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.219512 1.051470
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.046898
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.059319
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.127820 1.063231
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.071549

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 3.060717
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 3.048568
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 2.941135
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 3.003306
2020-09-19 17:00:00 1.995395 3.849001 2.988944
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.091633 3.038716
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 3.068890

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.518778
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.596767
2020-09-21 17:00:00 2.898551 3.760684 3.717388
2020-09-20 17:00:00 7.692308 3.760684 3.684148
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 3.689982
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 3.754738
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.038674 3.769785

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.710067
2020-09-22 17:00:00 9.061489 3.524969 3.718688
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.739292
2020-09-20 17:00:00 2.391410 4.112463 3.712839
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 3.776800
2020-09-18 17:00:00 6.293360 6.293360 3.772313
2020-09-17 17:00:00 2.937474 2.937474 3.781331

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 3.159856
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 3.171214
2020-09-21 17:00:00 5.270007 3.240000 3.163790
2020-09-20 17:00:00 3.144654 3.144654 3.228224
2020-09-19 17:00:00 4.243615 4.243615 3.235961
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.236977
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 3.236454

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.758940
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.691589
2020-09-21 17:00:00 7.720145 7.720145 3.720963
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.695683
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.656736
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.612631
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.591124

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 2.913855
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 2.902885
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 2.941677
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 2.941584
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 2.898390
2020-09-18 17:00:00 4.349939 2.187120 2.931790
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 2.966615

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.073056
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.049250
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 1.998374
2020-09-20 17:00:00 2.739981 1.677540 1.981698
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 2.013071
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 2.050803
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 2.049590

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.394702
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.694301 2.385276
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.233766 2.324877
2020-09-20 17:00:00 3.529412 2.500000 2.318826
2020-09-19 17:00:00 3.316062 3.316062 2.348406
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.320053
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.308338

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 2.774619
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 2.845236
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 3.059308
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 3.043191
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 3.053432
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 3.194422
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.315789 3.107561

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.500589
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.514054
2020-09-21 17:00:00 5.181087 2.530402 3.403283
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.412336
2020-09-19 17:00:00 3.213545 4.569463 3.378306
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.345622
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 3.319693

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.836394 1.836394 1.992322
Basilicata 2.998236 0.881834 0.719758
Calabria 1.003698 1.003698 1.192043
Campania 5.736757 5.736757 3.614537
Emilia-Romagna 1.887850 2.362021 2.705466
Friuli Venezia Giulia 3.580402 3.580402 2.988528
Lazio 2.317291 2.317291 2.298443
Liguria 5.572755 5.572755 5.917298
Lombardia 1.403911 1.403911 1.865410
Marche 3.860072 3.860072 3.344333
Molise 0.584795 1.073345 1.048457
P.A. Bolzano 5.580694 5.580694 3.060717
P.A. Trento 2.941176 2.941176 3.518778
Piemonte 3.576807 3.576807 3.710067
Puglia 3.112977 3.112977 3.159856
Sardegna 2.598091 2.598091 3.758940
Sicilia 2.238431 2.238431 2.913855
Toscana 1.915301 1.915301 2.073056
Umbria 1.911469 1.911469 2.394702
Valle d'Aosta 3.278689 3.278689 2.774619
Veneto 3.231366 3.231366 3.500589
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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